翠云廊古柏自然保护区内降水充沛，年平均降水量超1000mm ，尤其夏季降水集中且多暴雨，地表径流发达。隧道进口端围岩主要为Ⅴ级强风化砂岩，岩芯多呈碎块状，岩体结构松散，承载能力较低且透水性强，初支阶段隧道出现雨状、点滴状渗漏情况。为降低施工对保护区水环境影响，施工时对地下水处理秉持以防为主、防排结合原则，以结构自身防水为核心，辅以“防水板 + 土工布 + 止水带”的防水控制手段，对局部渗漏点进行封堵，保障保护区地下水环境的平衡。
(1)隧道防水措施
隧道防水系统由支护结构、防水板、土工布及止水带构成。初支完工后，先将土工布紧密贴合在初喷混凝土上，使用水泥钉锚固，每隔50cm打设水泥钉，呈梅花状分布。土工布铺设完毕后铺设防水板，为使防水板紧密贴合，充分发挥其防水功效，利用熔接器将防水板热熔在衬垫上，作业时保证防水板的粘结强度。隧道环向变形缝的防水是整个工程防排水的关键。环向变形缝设计采用“固定钢筋卡 + 中埋橡胶止水带(8mm) + 背贴式橡胶止水带(10mm) + 嵌缝材料”的复合防水构造。在隧道拱顶边墙部分每隔12m设置1道，仰拱部分每隔6m设置1道。工程实践显示，以结构自身防水为主，辅以“防水板 + 土工布 + 止水带”的防水系统成效显著，隧道施工期间未出现雨状、点滴状渗漏水现象，确保了自然保护区地下水环境的稳定。
(2)隧道排水措施
隧道排水系统由ϕ116mmHDPE纵向排水管、ϕ50mmHDPE环向排水管、ϕ100mmHDPE横向排水管以及中央排水沟组成。确认隧道净空符合设计要求后，安装ϕ116mmHDPE纵向排水管，纵向排水管与ϕ50mmHDPE环向排水管相连，最终通过ϕ100mmHDPE横向排水管排入隧道中央排水管。